Madrasah Tsanawiyah Negeri 1 Boyolali berdiri tahun 1959. Pada awalnya bernama MTs Muhammadiyah dengan kepala pertama KH M. Idris. Tanggal 1 November 1968  dinegerikan menjadi MTs Negeri Andong dengan SK Nomor 248/1968. Setelah itu berubah menjadi MTs Negeri Kacangan. Namun kemudian mengalami metamorfosis berdasarkan KMA No 810 Th 2017 tanggal  3 Oktober 2017 menjadi MTs Negeri 1 Boyolali